1. 행정상 쟁송
위법한 조세의 부과･징수에 대한 불복수단으로서의 행정쟁송은 행정쟁송 일반과 마찬가지로 행정심판과 행정소송으로 나눌 수 있다.
2. 행정심판
조세의 부과･징수에 대한 행정심판은 그 부과 또는 징수에 관한 처분의 위법 또는 부당을 이유로 그 취소･변경을 구하는 쟁송절차이다. 따라서 조세에 관한 행정심판에 대하여도 그 일반법인 행정심판법이 적용되는 것이 원칙이라 할 것이다.
그러나 조세사건의 특수성을 고려하여 국세기본법은 행정심판법의 적용을 배제하고(행정심판법 제55조 제1항), 일반국세의 부과･징수 및 관세의 부과･징수에 관한 행정심판은 각각 국세기본법 및 관세법이 정하는 바에 의하도록 하였다(국세기본법 제55조, 관세법 제38조).
또한 지방세법은 지방세에 대한 행정심판에 행정심판법의 적용을 배제하고 동법이 정하는 바에 의하도록 하고 있다(지방세법 제58조 제11항).
국세기본법에서는 위법한 조세부과처분에 대하여 심사청구와 심판청구 중 택일하여 구제를 신청할 수 있도록 하고(국세기본법 제55조 제1항, 2항), 또한 심사청구와 심판청구의 중복적 제기는 허용되지 아니하는 것으로 하였다(동조 제9항).
다만 당사자가 원하는 경우에는 심사청구에 앞서 세무서장에게 이의신청을 할 수 있다(동조 제3항).
(1) 이의신청
국세의 부과와 징수에 관한 처분에 대하여 이의가 있는 자는 국세청장이 조사･결정 또는 처리한 처분인 경우를 제외하고는 세무서장에게 이의신청을 할 수 있다(국세기본법 제55조･3항, 제60조).
이의신청기간은 처분의 통지를 받은 날로부터 또는 처분이 있었던 것을 안 날로부터 90일 내에 제기하여야 한다(국세기본법 제66조 제6항, 제65조 제1항).
이의신청이 있을 때에는 처분청인 세무서장 또는 지방국세청장은 이의신청을 받은 날로부터 60일 내에 결정하여야 한다(국세기본법 제66조 제6항, 제65조 제2항).
이의신청에 대한 결정에 불복하거나 또는 그 법정기간 내에 결정이 없는 때에는, 관계인은 다음의 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 있다.
(2) 심사청구
위의 이의신청은 임의적 절차이나, 심사청구 또는 심판청구는 행정소송의 제기에 있어서는 그 어느 하나는 반드시 거쳐야 한다는 의미에서 필요적 절차이다.
심사청구는 위법･부당한 처분 또는 필요한 처분을 받지 못함으로써(거부처분) 권리 또는 이익이 침해당한 자는 처분이 있은 것을 안 날로부터 90일 내에 당해 처분을 하였거나 하였어야 할 세무서장을 거쳐 국세청장에게 심사청구를 할 수 있다(국세기본법 제61조, 제62조).
당해 청구서를 받은 국세청장은 60일내에 국세심사위원회의 심의를 거쳐 결정하여야 한다(국세기본법 제64조, 제65조). 이 기간 내에 결정이 없으면 심사청구는 기각된 것으로 본다(동법 제65조).
(3) 심판청구
심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 당해 처분을 하거나 하였어야 할 세무서장을 거쳐 국세심판원장에게 하여야 한다(동법 제68조 제1항, 제69조 제1항).
국세심판원장은 심판청구를 받은 날로부터 90일 이내에 국세심판관회의의 의결에 따라 결정을 하여야 한다(동법 제78조). 심판청구를 받은 날로부터 90일 이내에 결정의 통지가 없으면 그 청구는 기각된 것으로 본다.
3. 행정소송
조세의 위법한 부과･징수 처분에 대하여는 궁극적으로 행정소송을 제기하여 이를 다툴 수 있다. 조세에 대한 행정소송에도 일반법인 행정소송법이 적용된다. 다만 국세기본법･관세법･지방세법은 행정소송법이 행정심판을 임의적 전치주의로 하고 있는 것과는 달리, 행정소송의 제기에 있어서는 일반국세･관세의 경우에는 필요적 전치절차로서 심사청구 또는 심판청구를 거치도록 하고(국세기본법 제56조 제2항, 관세법 제38조의 제2항), 지방세의 경우에는 이의신청 및 심사청구를 거치도록 하고 있다(지방세법 제73조 제2항, 제78조).
제소기간은 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정통지를 받은 날(또는 결정기간이 경과한 날)부터 90일 이내이다.
행정소송법에서는 특례를 정하여 행정심판전치주의의 예외를 인정하고 있는데, 국세기본법은 조세심판전치주의를 채택하고 있다.
행정소송의 일환으로 납세자의 착오 등으로 부과처분에 의하여 정하여진 조세액을 초과하여 납부한 경우, 무효인 부과처분에 의하여 납세한 경우, 위법･부당한 부과처분에 따라 납세를 한 때에는 그 과세처분이 과세관청의 직권이나 행정쟁송절차에 의하여 취소･변경된 경우 등에 대하여 과오납환급청구권을 행사할 수 있다.
따라서 이 청구권은 행정소송의 일종으로서 당사자소송으로 다룰 수 있다. 그러나 이 청구는 민법상의 부당이득반환청구로써, 민사사건으로 보는 견해도 있다.